由于广州的外宾接待场所有限，且葡萄牙之前与明朝素无来往，不属于朝贡国，所以明朝官员不希望葡萄牙人大量滞留在广州。于是船队及大部分人退到了珠江口的屯门岛，并且在岛上建立了自己的临时据点。完成任务的安德拉德便率领西洋大帆船返回马六甲，只在岛上留下了数量不多的葡萄牙人。
正德十五年一月，驻华大使皮雷斯通过多方贿赂，终于获准带着自己的中国翻译火者亚三及若干随从由广州出发，并于五月赶到了南京。武宗皇帝当时正在南京，让皮雷斯等人跟随自己一同返回京师，并在进行接见了皮雷斯等葡萄牙人。从此，两国间贸易往来开始了。三个约后，武宗皇帝驾崩，朝中大臣们处死了火者亚三。皮雷斯一行人被朝廷下令逮捕，押解回广州关押。此时留在珠江口的葡萄牙人已经由安德拉德的兄弟西蒙安德拉德接替指挥，他为了防御中国沿海频繁出没的海盗而在屯门岛上建立了小规模的防御工事。随后，几艘带有葡萄牙人的泰国船陆续从南洋赶来，又被明朝地方官拒之门外，双方的冲突已经到了激化的边缘。新继位的明世宗嘉靖皇帝在满朝愤怒大臣的怂恿下，下令驱逐葡萄牙人，禁止他们继续来华贸易，并要求他们退出马六甲。接着发生了广州当地守军进攻在屯门岛葡萄牙人的事件，葡萄牙人被广州当地守军赶出了屯门岛，逃回马六甲。
打又打不过，买卖也做不成，怎么办呢？于是葡萄牙人想出了一条路子——走私，你大明帝国不给我们发财的机会，我们就来暗的。于是葡萄牙人就开始在中国沿海干起了海盗的勾当。
葡萄牙人鬼点子多，搞海盗活动需要有合适的基地，于是葡萄牙人看中了双屿港。葡萄牙人试着在双屿港住下来，通过给温州地方豪绅富商一些甜头，葡萄牙人居然在双屿港站稳了脚跟。于是他们开始在双屿港搞建设。在陆续约二十年中，双屿港成为了一座新兴的“港口城市”，有一千多座建筑，其中包括两所医院，六七栋教堂，有一千多葡萄牙人常年居住在这里，加上日本人、葡萄牙人、暹罗人、婆罗洲人、琉球人和中国商人，岛上已经住有三千多人了。
在葡萄牙人在双屿港搞得红红火火，日本的浪人也纷纷云集于这里，中国沿海的不法商贾也在这里从事非法贸易。这样一来，日本、葡萄牙和中国三方走私在这里兴盛，港口出现畸形繁荣，入夜灯火通明，船只多到无处停泊。最有名气的倭寇有日本浪人松浦隆信、坂本伊文、伊东、近藤加、武藤源六郎、织田信义和海盗金子老、李光头、许栋、王直等都在这里大发其财。
虽然沿海的大明朝廷官员们不断向朝廷反映情况，要求铲除双屿港这个走私基地，这个海盗的自由王国，这个滋生倭患的毒瘤，但是朝廷迟迟下不了决心，因为阻碍太多，沿海的地主豪绅、地方官员都成为了双屿港的庇护者。而沿海的地主豪绅、地方官员与大明朝廷的高官们有着千丝万缕的联系，丰厚的利益使少数朝廷高官在利益的秤杆上滑向保护双屿港一边。一旦朝廷有什么风吹草动，他们都能及时通风报信，确保双屿港的安全。于是，沿海各卫所的官兵们窝囊啊，倭寇为患看得到，但是奈何不了。打又打不赢，追又追不了。朝廷为什么不采取有效措施啊，他们哪里知道，这都是官匪勾结造成的局面啊。
朱纨了解到这些情况后，下决心捣毁双屿港这个走私、海盗、倭寇的窝点。
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